AccuNext 链特异性 RNA 文库制备试剂盒(Illumina)

产品货号:AG12503 / AG12504

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¥6,000¥16,000

产品描述

本产品是针对 Illumina 高通量测序平台研发的链特异性 RNA 文库构建试剂盒,可对 100 pg ~ 100 ng 的 RNA 样本进行 RNA 文库构建,包含 RNA 片段化、逆转录 ( RT ) 和 PCR 文库扩增所需的所有组分。本产品通过加热使 RNA 片段化,然后以带接头序列的 3′-N6 Primer 进行反转录,依靠反转录酶的模板转换活性 (Template-switching),在 RNA 5′ 端添加一段接头序列,产生两端带有接头序列的 cDNA;搭配 AccuNext CDI 接头引物(Illumina,适用于RNA文库)(Code No. AG12505、AG12506、AG12507)进行 PCR 扩增即可获得适用于 Illumina 测序平台的测序文库。

本产品操作简单,无需进行传统的末端修复、接头连接等繁琐的步骤,即可获得 RNA 测序文库;优化的反应体系,提高了文库转化效率,能兼容不同的模板量,测序获得的数据均一性高,覆盖度完整;同时,模板转换反应的方向性保留了 RNA 的链方向性,可获得 RNA 链特异性的测序数据。

由于 Total RNA 中 rRNA 占比近 90%,为了测序时获得更多有效的数据量及降低测序成本,建议去除 rRNA 后再进行 RNA 文库构建,以减少测序中 rRNA 的数据占比,获得更多有效的数据。

本产品的反应体系经过了精心优化,请使用本产品中提供的试剂进行 RNA 片段化、逆转录和 PCR 文库扩增实验,建议不改变任何反应组分的用量及浓度,或用其他的等效产品替换本产品中组分,以免获得不好的结果。如需替换,请先进行验证。

产品优势
1. 适用于 Illumina 测序平台:整合了 Index 和 Illumina 接头,构建的 RNA 文库可直接进行 NGS 测序。
2. 模板适用范围广:可对 100 pg ~ 100 ng RNA 进行 RNA 文库构建;可兼容真核及原核生物 RNA 样本;降解的 RNA 也可以成功建库,兼容 RIN 值 2 ~ 10 的 RNA 样本。
3. 操作简单:无需进行传统的末端修复、接头连接等繁琐的步骤,即可获得 RNA 测序文库。
4. 能准确识别 RNA 链特异性:Read 1 读取的是原始 RNA 的反义链序列,Read 2 读取的是原始 RNA 的正义链序列;
5. 产品性能稳定:实验操作可重复。
产品组成

Package 2-1 组分如下(-80℃ 保存):

组分 AG12503 AG12504
Control Total RNA*(1 μg / μl) 20 μl 20 μl
5′-Adapter Primer Mix 54 μl 216 μl

*:Control Total RNA 为 Mouse Liver Total RNA。

Package 2-2 组分如下(-20℃ 保存):

组分 AG12503 AG12504
RNase Inhibitor(40 U / μl) 6 μl 24 μl
3′-N6 Primer 12 μl 48 μl
5X First-Strand Buffer 48 μl 192 μl
AccuNext Reverse Transcriptase(100 U / μl) 24 μl 96 μl
AccuNext DNA Polymerase(1 U / μl) 12 μl 48 μl
2X AccuNext PCR Buffer 300 μl 1.2 ml
Nuclease free water 1 ml 1 ml X 4 pcs

注意:AccuNext CDI 接头引物(Illumina,适用于RNA文库)(Code No. AG12505、AG12506、AG12507)为实验必须试剂,但本产品中未配置,需要单独购买。AccuNext CDI 接头引物(Illumina,适用于RNA文库)的信息见附录A和B。

保存与运输
保存温度:Package 2-1 -80℃保存           Package 2-2 -20℃保存
运输温度:Package 2-1 干冰运输             Package 2-2 -20℃冰袋运输或干冰运输
示例一

使用本公司产品 SteadyPure Mag mRNA 纯化试剂盒(磁珠法) (Code No. AG21204 )纯化 mRNA。采用本产品进行 293T Cell mRNA 文库构建,RNA 模板添加量为 100 pg,PCR 扩增循环数为 19,按照 1.0X 磁珠量(磁珠∶反应液= 1∶1)进行所有纯化。结果如下:图 3-A 显示了扩增后的文库产物,分布均匀,峰值在 200 ~ 700 bp 之间。图 3-B 显示无模板的阴性对照中没有产物。


图3. Agilent 2100 生物分析仪检测结果

示例二

以纯化的 293T Cell mRNA 为模板,用本产品进行文库构建,使用 Illumina NovaSeq 6000 系统测序,数据如下。

表 1. 主要 mRNA-Seq 数据

示例三

以不同浓度(100 pg 和 10 ng)的 293T Cell mRNA 为模板,用本产品进行反转及文库构建,分别做 2 个技术重复,使用 Illumina NovaSeq 6000 系统测序,2 个技术重复结果的基因表达相关性很高,表明实验重复性好(图 4:A 为 100 pg、B 为 10 ng)


图 4. 基因表达重复性分析

示例四

以 293T Cell mRNA 的 100 pg 和 10 ng 为模板,用本产品进行反转及文库构建,使用 Illumina NovaSeq 6000 系统测序,测序后分析测序片段在基因上的分布,结果显示用本产品扩增的片段无 5′ 端和 3′ 端的偏好性,分布均一(图 5:A 为293T Cell mRNA 100 pg、B 为 293T Cell mRNA 10 ng )。


图 5. 测序数据在基因上的覆盖度

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